Вход в пещеру был найден в 1961 году. 14 июля 1961 г. Группа из четырёх человек преодолела каскад колодцев, на глубине 135 м впервые проникла в зал Анакопия (зал Абхазия). После чего были открыты и остальные залы пещеры. С 1975 года пещера открыта для посещения туристами. Новоафонская пещера состоит из 9 залов, в 6 из которых проводятся ежедневные экскурсии, один зал зарезервирован для научной работы. Названия залов изменялись на новые: перед открытием пещеры для экскурсий в 1975 году и после грузино-абхазской войны 1992-93 годов. Названия залов, принятые ныне: Зал «Анакопия» (в нем находятся два подземных озера: «Анатолия» и «Голубое», ранее зал «Абхазия» и зал «Апсны»), Зал «Махаджиров» (ранее зал «Спелеологов», до этого квалифицировался как два разных зала — зал «Грузинских спелеологов» и зал «Исчезающего озера»), Зал «Нартаа» (также зал «Нарта», здесь находится третье озеро «Безымянное» и грот «Олень», первоначально назывался зал «Звуков» с озером «Жанелиусов» и гротом «Оленёнок»), Кораллитовая галерея (включает первоначальный зал «Хризантем», «Гипсовый» грот и галерею «Каменных цветов»), Зал «Спелеологов» (самый высокий зал, ранее зал «Апсар»), Зал имени Гиви Смыр (также известен как зал «Сухум», первоначально — зал «Фантазия»), Зал «Аюхаа» (ранее назывался галерея «Каньон» и галерея «Туфовых плотин»), Зал «Апхярца» (абх. Апхярца — национальный 2-струнный смычковый музыкальный инструмент; ранее — зал «Иверия», он же зал Молодёжный»), Зал «Апсны» (первоначально зал «Каскадов», потом назывался зал «Тбилиси»), Геликтитовый грот (и примыкающий к нему грот «Гуров»).
