Хранилище ядерного оружия 3653 ПРТБ располагалось на территории технической зоны. Территория вокруг хранилища была огорожена колючей проволокой и называлась локальной зоной. От хранилища к зданию регламентных работ был проложен рельсовый путь, по которому на специальных тележках транспортировались ядерные головные части ракет на обслуживание. В технической зоне 3653 ПРТБ, в северной её располагались два хранилища для ракет. Это углубленные укрытия так называемого "старого" типа. Их построили в конце 1960х одновременно с хранилищем ядерного оружия. Это были проходные укрытия с толстостенными стальными воротами (толщина ворот 30 см). Хранилища были отапливаемыми, имели принудительную вентиляцию. В хранилищах поддерживалась постоянная влажность и температура. В каждом хранилище имелась электрическая таль.
Ракеты в хранилищах хранились как на заводских тележках, так и на грунтовых тележках 2Т3М1 (для комплекса 9К72 Эльбрус) и 2Т222 (для комплекса 9К79 Точка). Грунтовые тележки заезжали и выезжали своим ходом. Складские тележки толкали вручную.
На заключительном этапе существования ракеты хранились только в одном хранилище. В другом размещались машины-хранилища 9Ф21.
